Theo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, ngành nông nghiệp chỉ đáp ứng 20%-30% nhu cầu thực phẩm của người dân TP, phần còn lại phải nhập từ các địa phương hoặc qua nhiều đường khác nhau. Cụ thể, rau củ quả sản xuất tại TP HN chỉ đáp ứng 30%, động vật sống 10%, thủy sản và sản phẩm thủy sản 15%-20%. Do vậy, TP gặp khó khăn trong việc giám sát, quản lý và truy xuất nguồn gốc khi có sự cố về an toàn thực phẩm nông - lâm - thủy sản. Ngoài ra, hạn chế trong công tác kiểm soát còn do các quy định về an toàn vệ sinh thực phẩm chưa theo kịp thực tế, gây cản trở cho quản lý. Hiện còn thiếu các quy định bổ sung danh mục chất cấm sử dụng trong sản xuất, chế biến thực phẩm, sản phẩm có nguồn gốc nông - lâm- thủy sản, như chất tạo màu công nghiệp, quy định về ngưỡng một số thuốc bảo vệ thực vật đang sử dụng phổ biến, quy định hàm lượng urê trong thủy sản…
Dù vậy, hiện 95% lượng thịt heo tiêu thụ trên thị trường đã được kiểm soát chất lượng; gần 100% lượng rau củ quả, thủy hải sản cũng được kiểm soát tại nguồn và chợ đầu mối. Từ năm 2016 đến nay, không phát hiện chất cấm trong các mẫu thức ăn chăn nuôi trên địa bàn, tỉ lệ mẫu phát hiện chứa chất cấm năm 2016 tại cơ sở giết mổ chiếm 8,8%, giảm 5,32% so với cùng kỳ năm 2015. Từ tháng 5-2016 đến nay, không phát hiện mẫu vi phạm chứa chất cấm tại cơ sở giết mổ. Về tồn dư hóa chất, kháng sinh trong nuôi trồng thủy sản và sản phẩm chế biến từ thủy sản, đến cuối năm 2016, tỉ lệ mẫu phát hiện nhiễm chất cấm giảm dần qua từng quý, từ 32,5% trong quý I giảm còn 3,7% trong quý IV. Năm 2016, không phát hiện tồn chất cấm, thuốc bảo vệ thực vật trong rau củ quả.
Dù khá yên tâm vì đã kiểm soát được an toàn vệ sinh thực phẩm từ nguồn gốc đến chợ đầu mối nhưng các đại biểu vẫn băn khoăn về khâu quản lý từ chợ đầu mối đến chợ/điểm bán lẻ do công tác quản lý còn lỏng lẻo, vẫn chưa kiểm soát được chất lượng, an toàn vệ sinh thực phẩm ở các chợ tự phát, chợ dân sinh. Do vậy, cơ quan quản lý cần tăng cường kiểm soát ở khâu này