Theo dự thảo, Cục Bảo vệ thực vật cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện ATTP đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm thực vật xuất khẩu. Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện ATTP đối với cơ sở sản xuất ban đầu và cơ sở kinh doanh thực phẩm thực vật để tiêu dùng trong nước. Chi cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thuỷ sản cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện ATTP đối với cơ sở sơ chế độc lập và chế biến thực phẩm thực vật.
Tổ chức, cá nhân nộp hồ sơ trực tiếp hoặc gửi qua đường bưu điện hoặc nộp trực tuyến (sau đó gửi hồ sơ bản chính) đến cơ quan có thẩm quyền. Hồ sơ gồm: Đơn đề nghị cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện ATTP; bản thuyết minh về điều kiện bảo đảm ATTP của cơ sở; danh sách chủ cơ sở và người trực tiếp sản xuất, kinh doanh thực phẩm đã được cấp giấy xác nhận kiến thức về ATTP (có xác nhận của cơ sở sản xuất, kinh doanh); danh sách chủ cơ sở và người trực tiếp sản xuất, kinh doanh thực phẩm đã được cơ sở y tế cấp huyện trở lên cấp Giấy khám sức khỏe (có xác nhận của cơ sở sản xuất, kinh doanh).
Cơ quan có thẩm quyền kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ trong thời gian 2 ngày làm việc. Nếu hồ sơ hợp lệ theo quy định thì tiếp nhận hồ sơ, nếu không hợp lệ thì trả lại hồ sơ cho tổ chức, cá nhân và yêu cầu bổ sung, hoàn thiện hồ sơ.
Trong thời hạn 10 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, cơ quan có thẩm quyền thực hiện thẩm tra hồ sơ. Trường hợp hồ sơ đáp ứng yêu cầu, thủ trưởng cơ quan có thẩm quyền quyết định thành lập Đoàn kiểm tra để kiểm tra, đánh giá thực tế điều kiện bảo đảm ATTP tại cơ sở.
Đoàn kiểm tra có trách nhiệm thông báo kế hoạch kiểm tra tới cơ sở trước thời điểm kiểm tra ít nhất 5 ngày làm việc (bằng một trong các hình thức: Thông báo trực tiếp; fax; email; gửi theo đường bưu điện). Kế hoạch kiểm tra gồm: Thời điểm dự kiến kiểm tra, phạm vi, nội dung, hình thức kiểm tra, các yêu cầu chuẩn bị nhân sự, hồ sơ để làm việc với Đoàn kiểm tra.
Khi tiến hành kiểm tra tại cơ sở, Đoàn kiểm tra công bố Quyết định thành lập đoàn, nêu rõ mục đích và nội dung kiểm tra. Tiến hành kiểm tra thực tế (điều kiện cơ sở vật chất, trang thiết bị và nguồn nhân lực tham gia sản xuất, kinh doanh), kiểm tra hồ sơ, phỏng vấn (nếu cần), lấy mẫu kiểm nghiệm (nếu cần) theo quy định. Đoàn kiểm tra lập biên bản kiểm tra, đánh giá điều kiện đảm bảo ATTP của cơ sở theo mẫu.
Cơ quan có thẩm quyền thẩm tra biên bản của Đoàn kiểm tra (có thể tiến hành thẩm tra thực tế tại cơ sở nếu cần); trong thời gian không quá 7 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra, cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện ATTP nếu cơ sở đủ điều kiện; trường hợp không cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện ATTP phải trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do.
Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện ATTP có hiệu lực trong thời gian 3 năm.